La vegetación espesa y abundante generada por el río Jarama por esta zona ha dado lugar a una gran diversidad animal en apenas 20 kilómetros cuadrados de territorio. Esta biodiversidad se ha mostrado en todo su esplendor en la riqueza en aves, gran parte de las cuales corren peligro de desaparecer en la zona, como sucederá seguramente con el martín pescador. A finales de invierno se han visto ánades y garzas buscando refugio aguas arriba, donde el parque del Puente Romano, que con todo su bullicio de visitantes es claramente inapropiado. A continuación mostramos una relación de aves divisadas en 1998:
| Abejaruco común | Abubilla | Acentor común |
| Agateador común | Alcaudón común | Alcaudón real |
| Alcotán | Alondra común | Ánade real |
| Andarríos chico | Avión zapador | Bisbita común |
| Carbonero común | Chochín | Cogujada común |
| Colirrojo tizón | Cuco | Curruca capirotada |
| Cárabo común | Garza real | Garceta común |
| Críalo | Herrerillo común | Jilguero |
| Lavandera blanca | Lavandera cascadeña | Martinete |
| Martín pescador | Mirlo común | Mito |
| Mosquitero común | Oropéndola | Pájaro moscón |
| Paloma torcaz | Papamoscas cerrojillo | Papamoscas gris |
| Petirrojo | Pico picapinos | Pinzón común |
| Pito real | Ruiseñor común | Torcecuellos |
| Tórtola común | Trepador azul | Urraca |
| Verdecillo | Verderón | Zarcero común |
| Zorzal charco | Zorzal común |
Los mamíferos, reptiles y anfibios se verán aún más afectados, si cabe, al perder preciosos refugios. Es de resaltar el impacto sobre la nutria; el rascado de las orillas ha destruido sus madrigueras, la disminución del nivel del agua dificulta el que las haga nuevas, la eliminación de las pozas dificulta sus posibilidades de pesca para alimentarse, y la pérdida de vegetación reduce sus posibilidades de camuflaje. A finales de invierno se han visto nutrias, turones y visones deambulando despistados por el lecho del río. He aquí una relación de los mamíferos observados en la zona. El visón americano es una especie introducida que afecta negativamenente a los depredadores autóctonos.
| Comadreja | Conejo | Erizo común |
| Liebre | Lirón común | Murciélago |
| Musaraña común | Rata de agua | Ratón de campo |
| Nutria | Topo | Turón |
| Visón americano | Zorro |
Los reptiles y anfibios observados, y afectados casi todos ellos, son:
| Culebra de escalera | Culebra bastarda | Culebra de agua |
| Culebra viperina | Lagartija ibérica | Lagartija colilarga |
| Lagarto ocelado | Rana verde | Sapo común |
| Sapo corredor | Galápago | Culebrilla ciega |
Los siguientes invertebrados crían y se refugian en la orilla y en el fondo, por lo que literalmente han sido barridos:
| Cangrejo americano | Cangrejo común | Mejillón de río |
Además, se ha destruido larvas y vegetación subacuática que sirve de alimento a aves y peces. En cuanto a la pesca, el dragado destruido las puestas de huevos y, sobretodo, ha afectado al habitat, haciendo la corriente más rápida y el nivel mucho menos profundo, eliminando los remansos y pozas donde, por ejemplo, encontrábamos los barbos. Esta ausencia de pozas será especialmente crítica en los meses de verano. La fauna piscícola de nuestro tramo está constituida por peces autóctonos e introducidos, muchos de los cuales, como el percasol, el lucio y el blackbass, son un problema en sí mismos:
| Barbo | Blackbass | Cacho |
| Carpa | Carpín | Lucio |
| Percasol | Pez gato |